Welche Dokumente notwendig sind, hängt von der Transport­route ab. Bei einem Yachttransport innerhalb der EU sind keine besonderen Boots­papiere vor­geschrieben. Überquert ein Yachttransport die EU-Außengrenze, sieht es allerdings anders aus.

Wird ein Boot aus der EU in einen Drittstaat verbracht, kann es bei der Ausfuhr aus der EU als Reisegut deklariert werden. In diesem Fall muss dem Transporteur ein gültiger Internationaler Bootsschein oder ein Flaggen­zertifikat (in Österreich: Seebrief) mitgegeben werden. Für die Einfuhr in einen Drittstaat gelten dessen nationale Bestimmungen.

Wird das Boot als Handels­ware aus der EU ausgeführt, muss der Absender dem Transporteur eine von seinem zuständigen Zollamt vor­abgefertigte Ausfuhr­anmeldung mitgeben. Bei der Einreise in die EU, z. B. auf dem Weg von der Schweiz nach Deutschland, kann die Gemeinschafts­eigenschaft einer Ware geprüft werden. Das bedeutet, dass für das Boot ein Nachweis über entrichtete Umsatz­steuer zu erbringen ist.